正常子宫内膜生长在子宫腔内，如果这种子宫内膜组织生长在盆腔的其他部位，就形成子宫内膜异位症。子宫内膜异位症的发病机制，解释很多，其中以“经血倒流，内膜种植”的学说最具说服力，根据这一理论，在某些妇女中，行经期脱落的子宫内膜逆流到输卵管，经过伞端，逸入盆腔，就地种植，继续生长，就形成了子宫内膜异位病灶。
这种异位内膜病灶在卵巢激素的周期性刺激下，同样可以发生增殖，分泌以及行经第一系列变化，而所产生的经血却没有一个排泄的出路，聚集起来成为大小不同的结节。这类结节的好发部位为卵巢，其次是子宫直肠窝以及盆腔的浆膜面。
其中，发生在卵巢的子宫内膜异位症，可以生长到较大的体积，直径自数厘米以至10余厘米不等，通常称为子宫内膜异位症，可以生长到较大的体积，直径自数厘米以至10余厘米不等，通常称为子宫内膜异位囊肿。由于囊肿内含陈旧性的深褐色的粘稠性经血，看起来很像巧克力酱，故又叫做“巧克力”囊肿。这种巧克力囊肿的壁，质地松脆，在月经周期后半和行经期，由于局部充血和出血，囊内压力升高，可以造成囊壁破裂囊肿内所含之陈旧经血，通过破口，流入腹腔，刺激腹膜，引起急性腹痛。
子宫内膜异位症在50年代，还是一种不为国内临床工作者所知的疾病。近20余年来，发病率明显上升，据统计，大约每3例原因不明的不孕女性，就有一例系因子宫内膜异位症所引起，每10例因盆腔肿物行剖腹手术者，就可以出现一例内膜异位症，因此已成为当前的一种多见病。患者多为生育年龄妇女，既往常有不育或生育功能减低的历史，约半数以上病例伴有严重痛经，1/4病例伴有轻度痛经。
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