嗜血杆菌性阴道炎是由于阴道的弱酸性环境被破坏，嗜血杆菌过度繁殖，多于乳酸菌100～1000倍，产生的阴道发炎的症状。嗜血杆菌性阴道炎的发病机制为：
阴道的弱酸性环境被破坏
正常育龄妇女在内分泌激素的作用下，阴道上皮细胞增生，其表层细胞含有丰富的糖原非常有利于兼氧乳酸杆菌的生长，这种细菌占阴道的90%以上。这种乳酸杆菌大量存在就抑制了其他致病菌的生长，在阴道形成了一个正常的生态平衡。
当人体雌激素水平下降导致阴道上皮萎缩，细胞糖原减少，不利于乳酸杆菌生长大量使用抗生素或用碱性液体过度冲洗阴道，抑制乳酸杆菌的生长。性乱性交频繁（因精液pH为7.2-7.8）等导致致病性厌氧菌和加特纳菌大量繁殖，引起阴道微生物生态平衡失调。兼氧乳酸杆菌减少最终导致细菌性阴道病。
病原体侵犯
厌氧菌产生的脱羧酶可激发阴道嗜血杆菌产生某种氨基酸，产生挥发性胺类，释放出难闻的鱼腥臭味胺类使pH值升高，又抑制乳酸杆菌繁殖，粘附有细菌的阴道表皮细胞脱落使阴道分泌物增加，从而导致嗜血杆菌性阴道炎。
女性来自于外界的嗜血杆菌感染主要是接触被感染的共场所的坐便器、浴盆、浴池坐椅、毛巾，使用不洁卫生纸，都可以造成感染。
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