导致自然流产的原因较多，主要有：
1、遗传基因缺陷：夫妇任何一方有染色体异常可传至于代，染色体异常的胚胎有50%一60%发生早期自然流产。染色体异常包括：①数目异常：多见三体、X单体、三倍体等。②结构异常：多为染色体断裂、倒置、缺失和易位。染色体异常的胚胎即使少数妊娠至足月，出生后会发生畸形或有功能缺陷。如发生流产，妊娠产物有时仅为一空孕囊或已退化的胚胎。
2、母体因素
(1)全身性疾病：妊娠期患全身性感染，高热可引起子宫收缩导致流产。细菌毒素和病毒(如单纯疱疹病毒、巨细胞病毒等)通过胎盘进入胎儿血循环，使胎儿死亡导致流产;孕妇患严重贫血或心力衰竭可致胎儿缺氧，也能引起流产;孕妇患慢性肾炎或高血压，胎盘发生梗死也可引起流产。
(2)生殖器官异常：子宫畸形(如子宫发育不良、双子宫、子宫纵隔等)、子宫肿瘤(如粘膜下肌瘤等)，均可影响胚胎着床和发育而导致流产。宫颈重度裂伤、宫颈内口松弛导致胎膜早破而发生晚期自然流产。
(3)内分泌异常：甲状腺功能减退症、严重糖尿病未能控制、黄体功能不足，均可导致流产。
(4)不良习惯：过量吸烟、酗酒，过量饮咖啡、海洛因等毒品，均可引起流产。
(5)创伤刺激：严重休克，子宫创伤(如手术，直接撞击，性交过度)亦可导致流产;过度紧张、焦虑、恐惧、忧伤等精神创伤也有引起流产的报道。
3、免疫功能异常：妊娠类似同种异体移植，胚胎与母体间存在复杂而特殊的免疫学关系，使胚胎不被排斥。若母儿双方免疫不适应，则可引起母体对胚胎排斥而致流产。与流产有关的免疫因素有父方的组织相容性抗原(HLA)、胎儿抗原、血型抗原(ABO及Rh)、孕期母体封闭抗体不足、母体抗父方淋巴细胞的细胞毒抗体不足、孕妇抗磷脂抗体产生过多、抗精子抗体的存在等。
4、环境因素：砷、铅、甲醛、苯、氯丁二烯、氧化乙烯等化学物质的过多接触，均可引起流产。
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