导致自然流产的原因较多，主要有：
1、遗传基因缺陷：
夫妇任何一方有染色体异常可传至于代，染色体异常的胚胎有50%一60%发生早期自然流产。染色体异常包括：①数目异常：多见三体、X单体、三倍体等。②结构异常：多为染色体断裂、倒置、缺失和易位。染色体异常的胚胎即使少数妊娠至足月，出生后会发生畸形或有功能缺陷。如发生流产，妊娠产物有时仅为一空孕囊或已退化的胚胎。
2、母体因素：
（1）全身性疾病：妊娠期患全身性感染，高热可引起子宫收缩导致流产。细菌毒素和病毒（如单纯疱疹病毒、巨细胞病毒等）通过胎盘进入胎儿血循环，使胎儿死亡导致流产;孕妇患严重贫血或心力衰竭可致胎儿缺氧，也能引起流产;孕妇患慢性肾炎或高血压，胎盘发生梗死也可引起流产。
（2）生殖器官异常：子宫畸形（如子宫发育不良、双子宫、子宫纵隔等）、子宫肿瘤（如粘膜下肌瘤等），均可影响胚胎着床和发育而导致流产。宫颈重度裂伤、宫颈内口松弛导致胎膜早破而发生晚期自然流产。
（3）内分泌异常：甲状腺功能减退症、严重糖尿病未能控制、黄体功能不足，均可导致流产。
（4）不良习惯：过量吸烟、酗酒，过量饮咖啡、海洛因等毒品，均可引起流产。
（5）创伤刺激：严重休克，子宫创伤（如手术，直接撞击，性交过度）亦可导致流产;过度紧张、焦虑、恐惧、忧伤等精神创伤也有引起流产的报道。
3、免疫功能异常：
妊娠类似同种异体移植，胚胎与母体间存在复杂而特殊的免疫学关系，使胚胎不被排斥。若母儿双方免疫不适应，则可引起母体对胚胎排斥而致流产。与流产有关的免疫因素有父方的组织相容性抗原（HLA）、胎儿抗原、血型抗原（ABO及Rh）、孕期母体封闭抗体不足、母体抗父方淋巴细胞的细胞毒抗体不足、孕妇抗磷脂抗体产生过多、抗精子抗体的存在等。
4、环境因素：
砷、铅、甲醛、苯、氯丁二烯、氧化乙烯等化学物质的过多接触，均可引起流产。
按自然流产发展的不同阶段，分为以下临床类型：
1、先兆流产
指妊娠28周前，先出现少量阴道流血，常为暗红色或血性白带无妊娠物排出，相继出现阵发性下腹痛或腰背痛。妇科检查宫颈口未开，胎膜未破，子宮大小与停经周数相符。经休息及治疗，症状消失，可继续妊娠;若阴道流血量增多或下腹痛加剧，可发展为难免流产。
2、难免流产
指流产不可避免。在先兆流产基础上，阴道流血量增多阵发性下腹痛加剧，或出现阴道流液（胎膜破裂）。妇科检查宫颈口已扩张，有时可见胚胎组织或胎囊堵塞于宫颈口内，子宫大小与停经周数相符或略小。
3、不全流产
难免流产继续发展，部分妊娠物排出体外，尚有部分残留于宫腔内或嵌顿于宫颈口处，影响子宫收缩，导致大量出血，甚至发生失血性休克。妇科检查见宫颈口已扩张，宫颈口有妊娠物堵塞及持续性血液流出，子宫小于停经周数。
4、完全流产
指妊娠物已全部排出，阴道流血逐渐停止，腹痛逐渐消失。妇科检查宫颈口已关闭，子宫接近正常大小。
此外，流产有三种特殊情况：
1、稽留流产
指胚胎或胎儿已死亡滞留宫腔内尚未自然排出者。胚胎或胎儿死亡后子宫不再增大反而缩小，早孕反应消失。若已到中期妊娠，孕妇腹部不见增大，胎动消失。妇科检查宫颈口未开，子宫较停经周数小，质地不软，未闻及胎心。
2、习惯性流产
连续自然流产3次或以上者称为习惯性流产。近年国际上常用复发性流产取代习惯性流产，改为连续2次的自然流产。每次流产多发生于同一妊娠月份，其临床经过与一般流产相同。早期流产常见原因为胚胎染色体异常、免疫因素异常、黄体功能不足、甲状腺功能低下。晚期流产常见原因为子宫畸形或发育不良、宫颈内口松弛、子宫肌瘤等。宫颈内口松弛者于妊娠后，常于妊娠中期，胎儿长大，羊水增多，宫腔内压力增加，胎囊白宫颈内口突出，宫颈管逐渐缩短、扩张。患者多无自觉症状，一旦胎膜破裂，胎儿迅速排出。
3、流产感染
流产过程中，若阴道流血时间长，有组织残留于宫腔内或非法堕胎等，有可能引起宫腔感染，严重时感染可扩展到盆腔、腹腔甚至全身，并发盆腔炎、腹膜炎、败血症及感染性休克等，称流产感染。
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