现在所应用的药物流产药米非司酮其药量仅为最初所用药量的1/4～1/3，因而副作用并不明显，主要为加重早孕反应、乏力等。
前列腺素副作用以胃肠道反应为主，如恶心、呕吐、腹泻及由于子宫收缩可产生下腹痛，个别人有发热、头晕、皮肤潮红及发麻等症状。为预防或治疗胃肠道副作用，可在用药前后服用复方苯乙呢陡或胃复安，腹痛严重者可予以度冷丁或阿托品类镇痛解痉药。但要避免使用对抗前列腺素的消炎痛、氟灭酸或水杨酸类制剂。
少数孕妇服用米非司酮即可流产。80%孕妇在使用前列腺素类药物后6小时内排出绒毛胎囊;约10%孕妇在服药1周内排出。因此，只要有出血情况即要注意排出物。如在家中排出组织，须带给医生察看，以确定是否绒毛组织。
根据排出或未排出绒毛胎囊的情况，按医生规定的时间在用药后8～15天内到给药的医疗机构随诊，以确定药物流产效果。凡医务人员确定药物流产失败或流产不全者，必须做人工流产术以终止妊娠。
药物流产时虽已排出绒毛胎囊，但子宫内的蜕膜组织则是慢慢排出的，故出血时间较长，平均18～20日。部分妇女会因出血多、时间长而导致贫血或并发子宫内膜炎、盆腔炎等。
因此，药物流产必须到具有急诊刮宫手术和输液等的医疗机构，在专门培训的医生筛选指导下应用，并按规定服药、观察、随诊，以便及时发现问题，及时处理。
极个别孕妇出现大出血、腹痛、发热等意外情况时，应急赴给药的医疗机构就诊。
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